BPPD dipimpin oleh seorang Kepala Badan. Kepala BPPD mempunyai tugas memimpin dan mengatur penyelenggaraan kebijakan program pembangunan perbatasan, menetapkan rencana kebutuhan anggaran, mengoordinasikan pelaksanaan, dan melaksanakan evaluasi dan pengawasan terhadap pengelolaan Batas Wilayah Negara dan Kawasan Perbatasan. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (2), Kepala BPPD mempunyai fungsi:
a.menetapkan rencana dan program kerja BPPD sesuai dengan kebijakan umum Daerah sebagai pedoman pelaksanaan tugas,
b.menyelenggarakan, memimpin, mengatur, membina dan mengendalikan pelaksanaan program dan kegiatan serta penetapan kebijakan teknis pada BPPD yang meliputi Sekretariat, Bidang Koordinasi Perencanaan dan Fasilitasi Kerjasama, Bidang Koordinasi Pelaksanaan, Bidang Monitoring dan Evaluasi serta Kelompok Jabatan Fungsional, menetapkan dan membagi tugas dan mengarahkan sasaran kebijakan kepada bawahan sesuai dengan program yang telah ditetapkan agar pekerjaan berjalan lancar, membina bawahan di lingkungan BPPD dengan cara memberikan reward dan punishment untuk meningkatkan produktivitas kerja, mengevaluasi pelaksanaan kebijakan operasional program kegiatan dengan cara membandingkan pelaksanaan tugas dengan rencana program dan sasaran sesuai ketentuan peraturan perundang- undangan agar diperoleh hasil yang maksimal, menetapkan penyusunan rencana strategis dan rencana kerja BPPD, menetapkan penyusunan laporan kinerja instansi Pemerintah, menyelenggarakan sistem pengendalian internal pemerintahan dan program reformasi birokrasi, menandatangani konsep naskah dinas sesuai dengan kewenangannya, merumuskan dan menetapkan standar operasional prosedur, standar pelayanan publik dan indeks kepuasan masyarakat berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan, menyelenggarakan monitoring dan pembinaan pelaksanaan penyelesaian administrasi penataan organisasi, kelembagaan dan peningkatan kapasitas sumber daya aparatur serta pelaksanaan produk hukum di lingkungan BPPD, penyusunan rencana induk dan rencana aksi pembangunan Kawasan Perbatasan, . penyusunan program dan anggaran pembangunan Kawasan Perbatasan sesuai dengan skala prioritas, d. e. £ 8g h. 1. k. 1 m. . melaksanakan pengoordinasian pelaksanaann. pembangunan Kawasan Perbatasan, melaksanakan penjagaan dan pemeliharaan tanda Batas Wilayah Negara, pelaksanaan bantuan fasilitasi penegasan, pemeliharaan dan pengamanan Batas Wilayah Negara, pelaksanaan bantuan inventarisasi potensi sumber daya dalam rangka pengusulan zona pengembangan ekonomi, sosial budaya, lingkungan hidup dan zona lainnya di Kawasan Perbatasan, pelaksanaan pengendalian dan pengawasan serta evaluasi dan pelaporan pelaksanaan pembangunan Kawasan Perbatasan, menyelenggarakan hubungan kerja fungsional dengan Perangkat Daerah, Pemerintah Provinsi, dan Pemerintah Pusat, O. P. r. s.
t.mengesahkan laporan pelaksanaan kebijakan BPPD sebagai bahan pertanggungjawaban kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah: Uu. menyelenggarakan pelaksanaan monitoring dan evaluasi pelaksanaan tugas-tugas di lingkungan BPPDj, dan
v.melaksanakan tugas lain dari Bupati sesuai tugas dan fungsinya berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan.