Dengan Peraturan Daerah ini, 20 (duapuluh) Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan dicabut dan dinyatakan tidak berlaku, yaitu Peraturan Daerah sebagai berikut:
a.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 16 Tahun 2002 tentang Retribusi izin usaha industri (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2002 Nomor 27 Seri C Nomor 02);
b.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 43 Tahun 2003 tentang Retribusi Pelayanan Ketenagakerjaan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 65 Seri C Nomor 11);
c.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 25 Tahun 2001 tentang Retribusi Izin Usaha Perikanan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2001 Nomor 25 Seri B Nomor 15);
d.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 24 Tahun 2001 tentang Retribusi Izin Pemanfaatan Laut Dan Sungai (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2001 Nomor 24 Seri B Nomor 14);
e.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 8 Tahun 2005 tentang Retribusi Pelayanan Penerbitan Surat-Surat Kapal, Surat Keterangan Kecakapan (SKK) dan Surat Izin Berlayar (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2005 Nomor 8 Seri C Nomor 03);
f.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 23 Tahun 2001 tentang Retribusi Izin Pendirian Badan Hukum Koperasi (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2001 Nomor 23 Seri B Nomor 13);
g.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 5 Tahun 2003 tentang Izin Pengusahaan dan Pendistribusiaan Minyak (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 5 Seri E Nomor 05);
h.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 4 Tahun 2011 tentang Usaha Pertambangan Mineral dan Batubara (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2011 Nomor 4);
i.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 15 Tahun 2008 tentang Urusan Pemerintahan Kabupaten Nunukan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2008 Nomor 15 Seri D Nomor 05);
j.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 3 Tahun 2003 tentang Izin Ekplorasi Air Bawah Tanah, Pengeboran, Penurapan Mata Air, Pengambilan Air Bawah Tanah dan Mata Air (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 3 Seri E Nomor 05);
k.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 24 Tahun 2003 tentang Retribusi Penyusunan Dokumen Analisis mengenai Dampak Lingkungan serta Dokumen Upaya Pengelolaan Lingkungan dan Upaya Pemantauan Lingkungan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 42 Seri C Nomor 03);
l.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 26 Tahun 2003 tentang Izin Usaha pengumpulan Hasil Hutan Bukan Kayu (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 44 Seri E Nomor 23);
m.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 27 Tahun 2003 tentang Pengelolaan Hutan Lindung Kabupaten Nunukan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 45 Seri E Nomor 24);
n.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 42 Tahun 2003 tentang Retribusi izin Pengusahaan Perikanan dan Pungutan Hasil Perikanan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2003 Nomor 64 Seri C Nomor 10);
o.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 7 Tahun 2005 tentang Retribusi izin Perusahaan Pelayaran, Izin Usaha Penunjang Angkutan Laut dan Izin Usaha Angkutan Sungai, Danau dan Penyeberangan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2005 Nomor 7 Seri C Nomor 02);
p.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 13 Tahun 2007 tentang Pedoman Penyelenggaraan Hutan kemasyarakatan di Kabupaten Nunukan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2007 Nomor 13 Seri E Nomor 05);
q.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 15 Tahun 2007 tentang Retribusi Izin Pemanfaatan Hasil Hutan Kayu dan Bukan Kayu pada Tanah Milik Hutan lainnya (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2007 Nomor 15 Seri C Nomor 01); dan
r.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 9 Tahun 2008 tentang Retribusi Surat Izin Usaha Perdagangan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2008 Nomor 9 Seri C Nomor 01);
s.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 5 Tahun 2011 tentang Izin Gangguan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2011 Nomor 5);
t.Peraturan Daerah Kabupaten Nunukan Nomor 13 Tahun 2011 tentang Retribusi Izin Gangguan (Lembaran Daerah Kabupaten Nunukan Tahun 2011 Nomor 13);