Dalam menyelenggarakan fungsi sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4, Departemen Dalam Negeri mempunyai kewenangan :
a.penetapan kebijakan di bidangnya untuk mendukung pembangunan secara makro;
b.penyusunan rencana nasional secara makro di bidangnya;
c.penetapan persyaratan akreditasi lembaga pendidikan dan sertifikasi tenaga profesional/ahli serta persyaratan jabatan di bidangnya;
d.penetapan standar pemberian izin oleh Daerah di bidangnya;
e.penanggulangan bencana yang berskala nasional di bidangnya;
f.penetapan kebijakan sistem informasi nasional di bidangnya;
g.penyelesaian perselisihan antar Propinsi di bidangnya;
h.penetapan kebijakan perubahan batas, nama, dan pemindahan ibu kota Daerah;
i.penetapan pedoman ketenteraman dan ketertiban umum, penyelenggaraan perlindungan masyarakat, serta kesatuan bangsa;
j.penetapan pedoman administrasi kependudukan;
k.penetapan pedoman perencanaan Daerah;
l.penetapan pedoman satuan polisi pamong praja;
m.pembentukan dan pengelolaan Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah;
n.fasilitasi penyelenggaraan pendidikan dan pengembangan sistem politik;
o.penetapan syarat-syarat pembentukan Daerah dan kriteria tentang penghapusan, penggabungan, dan pemekaran Daerah;
p.penetapan pedoman tata cara kerjasama Daerah dengan lembaga/badan luar negeri, dan kerjasama antar Daerah/Desa dan antara Daerah/Desa dengan pihak ketiga;
q.penetapan pedoman tata tertib Dewan Perwakilan Rakyat Daerah;
r.penetapan pedoman dan pemberian dukungan serta kemudahan dalam pembentukan asosiasi Pemerintah Daerah dan asosiasi Dewan Perwakilan Rakyat Daerah serta pembentukan dan pengelolaan Badan Usaha Milik Daerah/Desa;
s.pengaturan kedudukan keuangan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah;
t.penetapan pedoman pengelolaan kawasan perkotaan dan pelaksanaan kewenangan Daerah di kawasan otorita dan sejenisnya;
u.penetapan pedoman mengenai pengaturan Desa;
v.pengaturan tugas perbantuan kepada Daerah dan Desa, serta tata cara pencalonan, pemilihan, pengangkatan, pertanggungjawaban, dan pemberhentian, serta kedudukan keuangan Kepala Daerah dan Wakil Kepala Daerah;
w.pengaturan pedoman dan fasilitasi pengelolaan Pendapatan Asli Daerah dan sumber pembiayaan lainnya;
x.fasilitasi penyelenggaraan pemilihan umum;
y.pembinaan dan pengawasan atas penyelenggaraan otonomi daerah yang meliputi pemberian pedoman, bimbingan, pelatihan, arahan, dan supervisi di bidangnya;
z.kewenangan lain sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku, yaitu : 1) penetapan pedoman tentang pengurusan, pertanggungjawaban, dan pengawasan keuangan Daerah serta tata cara penyusunan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah, pelaksanaan tata usaha keuangan Daerah, dan penyusunan perhitungannya; 2) fasilitasi penyusunan pedoman susunan organisasi perangkat daerah; 3) fasilitasi penyusunan pedoman tata laksana pelayanan publik di bidangnya; 4) fasilitasi penetapan pedoman standar pelayanan minimal; 5) penetapan pedoman pengembangan kualitas kependudukan di bidangnya; 6) fasilitasi penetapan pedoman penyelenggaraan dekonsentrasi dan tugas pembantuan; 7) pembinaan dan pengawasan terhadap tugas-tugas pembantuan dan tugas dekonsentrasi di bidangnya; 8) pengawasan represif terhadap kebijakan Pemerintah Daerah yang berupa Peraturan Daerah dan/atau Keputusan Kepala Daerah setelah berkoordinasi dengan instansi terkait; 9) memberikan pertimbangan kepada Menteri Keuangan dalam penyusunan perimbangan keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah; 10) penetapan pedoman dan evaluasi pelaporan penyelenggaraan Pemerintahan Daerah.