Dengan Peraturan Daerah ini dibentuk Perangkat Daerah, terdiri atas :
a.Sekretariat Daerah dengan Tipe B;
b.Sekretariat DPRD dengan Tipe C;
c.Inspektorat dengan Tipe B;
d.Dinas terdiri dari :
1.Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pekerjaan umum dan penataan ruang;
2.Dinas Ketahanan Pangan dan Pertanian dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pangan, bidang pertanian dan bidang perikanan;
3.Dinas Perhubungan dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perhubungan;
4.Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang penanaman modal; 4
5.Dinas Kebudayaan, Pariwisata, Kepemudaan dan Olahraga dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kebudayaan, bidang pariwisata, dan bidang kepemudaan dan olahraga;
6.Dinas Koperasi, Usaha Mikro dan Tenaga Kerja dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang koperasi dan usaha kecil dan menengah, bidang tenaga kerja dan bidang transmigrasi;
7.Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana dengan Tipe A menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak, bidang pengendalian penduduk dan keluarga berencana;
8.Dinas Kesehatan dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kesehatan;
9.Dinas Pendidikan dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang pendidikan;
10.Dinas Sosial dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang sosial;
11.Dinas Lingkungan Hidup, Kebersihan dan Pertamanan dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang lingkungan hidup;
12.Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang administrasi kependudukan dan pencatatan sipil;
13.Dinas Komunikasi dan Informatika dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang komunikasi dan informatika, bidang persandian dan bidang statistik;
14.Dinas Perdagangan dan Perindustrian dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perdagangan dan bidang perindustrian;
15.Dinas Kearsipan dan Perpustakaan dengan Tipe B menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang kearsipan dan bidang perpustakaan;
16.Dinas Perumahan dan Kawasan Pemukiman dengan Tipe C menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang perumahan dan kawasan pemukiman serta bidang pertanahan;
17.Satuan Polisi Pamong Praja dengan Tipe C menyelenggarakan urusan pemerintahan bidang ketentraman dan ketertiban umum serta perlindungan masyarakat sub urusan ketentraman dan ketertiban umum dan sub urusan kebakaran. 5
e.Badan terdiri dari :
1.Badan Pendapatan, Pengelola Keuangan dan Aset Daerah dengan Tipe A melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang keuangan;
2.Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan dengan Tipe B melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang perencanaan dan penelitian dan pengembangan;
3.Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan Daerah dengan Tipe C melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang kepegawaian, pendidikan dan pelatihan.
f.Kecamatan terdiri dari :
1.Kecamatan Mojoroto dengan Tipe A;
2.Kecamatan Kota dengan Tipe A;
3.Kecamatan Pesantren dengan Tipe A.